从原代组织中分离细胞将组织块分离（散）成细胞悬液的方法有多种，最常用的是机械解离细胞法、酶学解离细胞法以及螯合剂解离细胞法。 其中酶学解离法获得单细胞悬液是最常用的方法，细胞暴露在酶中的时间要尽可能的短，以获得较高产量的有活性细胞。常用的酶有胰蛋白酶 (Trypsin)、胶原酶 (Collagenase) 和分散酶（Dispase）。

克隆化培养和应用选择性培养条件是纯化培养细胞优先考虑的方法，但细胞缺乏足够的贴瓶率不能生长形成克隆或者没有合适的选择性培养条件时，物理和免疫分离技术就有其独特的优势，分离速度快而且分离量大。主要是依靠细胞密度（比重）、细胞表面抗原表位的抗体亲和力、细胞体积以及流式细胞仪利用光分散或荧光发射而进行分选。